Die Bewertungen für apotheker.com fallen durchweg positiv aus. Kunden heben besonders die sehr schnelle Lieferung, die attraktiven und günstigen Preise sowie den einfachen und übersichtlichen Bestellvorgang hervor. Die sichere und angemessene Verpackung wird meist gelobt, ebenso wie der freundliche, hilfsbereite und kompetente Kundenservice. Der Versand über DHL wird überwiegend positiv bewertet. Auch die Auswahl, Verfügbarkeit und Qualität der Produkte sowie die regelmäßige Information über den Bestellstatus werden vielfach positiv erwähnt. Vereinzelt werden verspätete Zustellungen, meist bedingt durch den Paketdienst, kritisiert. Es gibt gelegentliche Anmerkungen zu Versandkosten und selten kleinere Probleme beim Bestellvorgang. In Einzelfällen treten Transportschäden oder zu große Verpackungen auf. Der Versand über GLS wird mehrfach aufgrund von Problemen bei der Zustellung und mangelhafter Informationsweitergabe kritisch bewertet. Selten werden Engpässe bei der Produktverfügbarkeit oder notwendige Austauschvorgänge sowie Informationslücken bemängelt.